بخش تضمین کیفیت شرکت از سال 1383 فعال شده است و با پیاده‌سازی سیستم مدیریت کیفیت جامع، تلاش خویش را معطوف به تعالی شرکت در ابعاد گوناگون نموده است. پس از پیاده سازی این سیستم، شرکت موفق به کسب گواهینامه‌های ISO13485 ،ISO9001  و نشان CE در تولید کانولا از موسسه QS سوییس گردید.

پس از آن با اهتمام به ایجاد فرهنگ و نگرش سیستمی در کیفیت، ضمن تجدید گواهینامه‌های ISO13485+AC 2007 و ISO 9001 و نشان CEدر سال 1389 و با توجه به این‌که شرکت آواپزشک در خط مشی کیفیت خود افزایش رضایت مشتری و مشتری مداری را سرلوحه فعالیت‌های خود قرار داده است، با همت و تلاش فراوان موفق به دریافت گواهینامه‌های ISO 10002و ISO/TS 10004 در زمینه رسیدگی به شکایات مشتری و اندازه‌گیری  رضایت مشتری گردید.

هم‌چنین آواپزشک به دلیل ایجاد شرایط ممتاز در تولید و ایجاد 5400 متر مربع سالن تولید اتاق تمیز کلاس 100000 و 480 متر مربع سالن تولید  اتاق تمیز کلاس  10000 موفق به دریافت گواهینامه QSR 21 CFR 820 c GMP در زمینه « شرایط مناسب تولید » گردید.

با توجه به مزیت‌های یاد شده و کیفیت ممتاز محصولات، شرکت آواپزشک مفتخر به دریافت تندیس و لوح تقدیر به عنوان واحد تولیدی نمونه استان مرکزی در سال های 1390، 1391 و 1392 شده است.